國立小學是日本比較特殊的一種公立教育機構，一般是大學，特別是教育類大學的附屬學校。與公立小學以課本內容為主的教育方法不同，國立小學因為是大學的附屬機構，擔負著教育研究的重任，是各種先進教育方法和內容的試驗地、實習地，所以不同的國立小學教學內容也不同，有明顯的學校特色和老師特征，一年下來從未使用過學校教材上課的老師據說不在少數。一般而言，國立小學的學生有機會接觸和挑戰很多比較難、深的知識，這一點普通公立小學無法望其項背。國立小學的入學往往實行考試選拔制度，門檻很高，競爭非常激烈，甚至有的國立小學因為報考的人多，即使考試合格也需要在合格者中再進行抽簽，抽到者才能最終獲得入學資格。比如位於東京的御茶大學附屬小學，2011年的報考人數高達2961人，而最終卻隻錄取了55人。

此外，日本國內還有大約206所文部省認定的私立小學，這些私立學校中有女子學校、文體類學校、語言類學校等，還有歷史悠久的名門貴族學校。

私立小學入學也要經過選拔考試，入學難度視學校不同，一般來說難度要小於國立小學。私立小學學費也視學校、地域不同，據稱，全日本最貴的私立小學位於福岡縣，一年學費高達216萬日元(約合12萬元人民幣)。私立小學的入學沒有居住地要求，上課時間各所學校也不同，但一般都比較重視教學，相對公立小學平均每年要多幾十課時。除了學習時間外，不同私立小學因教育理念不同，學校教育的活動和側重點也會不同，具有較鮮明的獨自辦學特色。

均衡教育就低不就高

目前在日本，大部分的孩子在小學階段接受的都是公立小學的教育，隻有大概1%的孩子選擇私立小學或國立小學。而進入初中階段，選擇私立的學生比例會多一些，達到7%。